BİYOLOJİK VERİ TABANLARI

Veri tabanı, verilerin sistematik olarak toplanması, depolanması ve işlenebilmesini (değişiklikler yapılması) sağlayan bilgisayar sistemidir. İçeriklerine göre biyolojik veri tabanları birincil, ikincil ve özelleşmiş veri tabanları olmak üzere 3 bölümde incelenmektedir.

Birincil Veri Tabanı

Birincil veri tabanı orijinal biyolojik verileri içermektedir. Araştırmacılar tarafından bulunan ve sisteme yüklenen ham sekans ve yapısal verilerden oluşmaktadır. Başlıca üç farklı kamuya açık veri bankası bulunmaktadır. Bunlar “Japonya DNA DataBank (DDBJ)”, “ Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL)”, “Amerikan Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI)” Bu üç farklı veri bankasının birleştirilmesiyle “Uluslar arası Nükleotid Dizi Veri Tabanı Birliği” oluşturulmuştur. Bu 3 veri bankasının sunduğu veriler aynıdır sadece sunuluş şekilleri farklıdır.

EMBL (https://www.embl.de/index.php)

*Araştırma merkezlerinde moleküler biyolojinin yanı sıra, fizik, kimya, bilgisayar bilimleri ve biyoinformatik konuları çalışılmaktadır.

*Temel araştırmaların yanı sıra öğrenci ve bilim insanı eğitim programları da mevcuttur.

DDBJ (https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html )

*Asya kıtasındaki en büyük nükleotid sekans bankasıdır.

*Nükleotid dizisi, biyolojik materyaller, organizma evrimiyle ilgili materyalleri çevrimiçi olarak sunar.

NCBI (GenBank) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ )

* En popüler olan ve sıklıkla kullanılan biyolojik veri tabanıdır.

* Barındırdığı bilgi yoğunluğu ve çeşidi bakımından en az Ensembl (Genom veri tabanı projesi) kadar zengin bir veri tabanıdır.

*Diğer veri tabanlarıyla genomik bilgileri bağlantılıdır.

*Sadece genom bilgisi değil, protein bilgilerini de barındırır.

*GenBank veri tabanında ayrıca nükleik asit ve protein sekanslarının çeşitli analizlerini yapmak için birçok program kullanılır.

*Aranan bir veri ya da bilginin var olan verileri kullanarak anlamlı ilişki kurar ve çapraz referanslama yapabilmektedir.

Bazı NCBI Alt Veri Tabanları

• PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ )

Biyotıp, sağlık, yaşam bilimleri, biyomühendislik, kimya bilimi, biyomedikal gibi alanlarda kaynaklar ( makale, dergi, kitap…) sunar.

• OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)( https://www.omim.org/ )

Hastalıkların fenotip- genotip ilişkisi içeren veri tabanınıdır.

• Nücleotide (Nükleotit Veri Tabanı)( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ )

DNA-RNA dizisini içeren veri tabanıdır.

• Protein(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ )

Genlerin ürünü olan proteinlerin dizilimi içeren veri tabanıdır.

• Taksonomi(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy )

Sınıflandırma ilgili bilgiler barındıran veri tabanıdır.

· ClinVar(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/)

Genomik varyasyonun hastalıklarla ilişkisiyle ilgili bilgiler içeren veri tabanıdır.

NCBL Kullanılan Programlar

· BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

*Biyolojik diziler arasında ki benzerliği kıyaslayan programdır. Genelde proteinler için kullanılır.

*BLAST sonuç ekranında siyah, mavi, yeşil, pembe ve kırmızı renklerden oluşan hizalamayı gösteren renk skalası vardır. Siyahtan kırmızıya doğru benzeme oranı artmaktadır.

FASTA(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Spouge/html_ncbi/html/fasta/uniqueseq.cgi)

* Biyolojik diziler arasında ki benzerliği kıyaslayan programdır. Genelde nükleik asitler için kullanılır.

· COBALT (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi )

*Çoklu dizi karşılaştırması ve filogenetik ağaç çizen programdır.

İkincil Veri Tabanı

Birincil veri tabanlarından elde edilen verilerin işlenmesiyle oluşur.Yapısal ve fonksiyonel dizi bilgilerini detaylı olarak sunan veri tabanıdır.

İkincil veri tabanına en iyi örnek İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü’ne bağlı Swiss-Prot ve UniProtKB’dır.( https://www.sib.swiss/)

Swiss-Prot ve UniProtKB veri tabanları çoğunlukla EMBL’dan elde edilen verilere göre işlem yapılmaktadır.

Özelleşmiş Veri Tabanı

Özel bir araştırma konusuna veya belli bir organizmaya ait olabilir.

Özelleşmiş veri tabanları sekans verilerini, dizi verileri, biyokimyasal yolakları ve ürünleri, genom haritasını, belirteçleri, gen analizlerini, proteinin yapı ve fonksiyon bilgilerini içermektedir.

Bazı özelleşmiş veri tabanları

Bazı özelleşmiş veri tabanları

FlyBase(https://flybase.org/ ):Drosophila araştırmalarına odaklı veri tabanıdır.

EcoCys (https://ecocyc.org/ ):Escherichia coli ilgili yapılan araştırmaları içeren veri tabanıdır.

SGD(https://www.yeastgenome.org/ ):Saccharomyces ilgili yapılan araştırmaları içeren veri tabanıdır.

KAYNAKÇA

* Karataş, M. (2012). Moleküler biyoloji (1. baskı, ss. 311-340). Nobel.

* Allmer, J., Has, C., & Yılmaz, S. (2012). Biyoenformatik 1 (2nd ed., pp. 131-138). Nobel.